大约公元前4800年，神农教民种植五谷后，他逐渐发现，人们在采集活动中经常误食某些有毒的动植物，结果发生呕吐、腹疼、昏迷、甚至死亡等现象。
神农同时发现，人们吃了某些动植物，却能消除或者减轻身体的一些病痛，或解除因其他食物而引起的中毒现象。在渔猎生活中，神农又发现，吃了某些动物的肢体、内脏，能产生特殊的反应。
那时候，五谷和杂草长在一起，药物和百花混在一起，哪些植物可以吃，哪些植物可以治病，谁也分不清，人们只能靠打猎生活，但是天上的飞禽越打越少，地下的走兽也越打越稀，人们只好饿肚子了。同时，人们苦于无医无药，生疮害病时只能忍受病痛的煎熬。
有一回，神农的女儿花蕊病了。水不思，饭不想，浑身难受，腹胀如鼓，怎么调治也不见好，神农帝很为难，他想了想，抓了一些草根、树皮、野果和石头，数了数，共十二味，招呼花蕊吃下，自己因地里的活儿忙，就走了。
花蕊吃了那药以后，肚子疼得像刀绞一样。没多大一会儿，竟生下一只小鸟儿，然后她的病也就好了。这可把周围的人们给吓坏了，都说：“这只鸟儿是个妖怪，赶紧把它弄出去扔了。”
谁知这小鸟通人性，见人们都讨厌它，就飞到地里寻神农。神农正在树下打瞌睡，忽然听到从树上传来的声音：“叽叽，外公！叽叽，外公！”
神农抬头一看，见是一只小鸟儿。嫌它吵人心烦，就一抡胳膊把小鸟儿撵飞了。但是没多大一会儿，这只小鸟儿又飞回到树上，又叫：“叽叽，外公！叽叽，外公！”
神农觉得非常奇怪，拾起一块土坷垃，朝树上一扔，把小鸟儿吓飞了。但又没多大一会儿，小鸟儿又回到树上，又叫：“外公，叽叽！外公，叽叽！”
神农这回没有驱赶小鸟儿，他听清了小鸟儿说的话，就把左胳膊一抬，说：“你要是我的外孙，就落到我的胳膊上！”
那小鸟儿真的扑棱棱飞下来，落在神农的左胳膊上。神农细看这小鸟儿，浑身翠绿，透明，连肚里的肠肚物也能看得一清二楚。神农托着这只玲珑剔透的小鸟儿回到家，大家看神农将小鸟儿带了回来，吓得连连回退，说：“快扔了，妖怪，快扔了……”
神农乐哈哈地说：“这不是妖怪，是宝贝哟！就叫它花蕊鸟吧！”
神农又把花蕊鸟吃过的十二味药分开在锅里熬。熬一味，喂小鸟一味，一边喂，一边观察，看这味药到小鸟肚里往哪走，有啥变化。神农自己再亲口尝一尝，体会这味药在自己肚里是啥滋味。十二味药喂完了，尝完了，发现药一共走了手足三阴三阳“十二经脉”。
神农托着这只鸟儿上大山，钻老林，采摘各种草根、树皮、种子、果实；捕捉各种飞禽走兽、鱼鳖虾虫；挖掘各种石头矿物，一样一样地喂小鸟儿，自己又一样一样地亲口尝。观察体会它们在身子里各走哪一经，各是何性，各治何病。
神农发现哪一味药都只在“十二经脉”的范围里打圈圈，超不出这些脉络。天长日久，神农就制订了人体的“十二经脉”。
神农想想，还不放心，就手托这只鸟继续验证药性，他来到太行山，转悠了九九八十一天，来到小北顶，捉了一个全冠虫喂小鸟儿，没想到这虫子毒性太大，一下子把小鸟儿的肠子打断了，小鸟儿死了。神农真是后悔极了，他悲痛不已，大哭了一场。为了纪念小鸟儿，神农就选上好木料，照样刻了一只鸟儿，走到哪里就带到哪里。
后来，神农为了能够了解更多草药的药性，他便带着一批人，从家乡出发，向西北大山走去。他们走啊，走啊，腿走肿了，脚起茧了，还是不停地走，整整走了七七四十九天，走到了一个地方。只见高山一峰接一峰，峡谷一条连一条，山上长满了奇花异草，从很远就飘出香气。
神农带领着大家正往前走，突然从峡谷里窜出一群虎豹蟒蛇，把大家团团围住。大家挥舞木棍，向野兽打去。可是打走一批，又来一批，一直打了七天七夜，才把野兽都赶跑了。那些虎豹蟒蛇身上被木棍抽出的一条条或一块块伤痕，后来就成了它们皮上的斑纹。
大家觉得山里太险恶了，就劝神农回去。但他摇摇头说：“不能回！大家饿了没吃的，病了没草药，我们怎么能回去呢？”
神农说着领头进了峡谷，来到一座茫茫大山脚下。这座山半截插在云彩里，四面是刀切似的悬崖，崖上挂着瀑布，长着青苔，溜光水滑，很难爬上去。大家又劝神农放弃，还是趁早回去。
神农摇摇头，仍然说：“不能回！大家饿了没吃的，病了没草药，我们怎么能回去呢？”
神农站在一个小石山上，对着高山，上望望，下看看，左瞅瞅，右瞄瞄，打主意，想办法。神农想着想着，突然，他看见几只金丝猴顺着高悬的古藤和横倒在崖腰的朽木爬来爬去。他灵机一动，把大家喊来，叫人砍木杆，割藤条，靠着山崖搭成架子，一天搭上一层，从春天搭到夏天，从秋天搭到冬天，不管刮风下雨，还是飞雪结冰，都没有停工。
就这样整整搭了一年，搭了三百六十层，才搭到山顶。传说，后来人们用的脚手架，就是学习神农的办法。
神农带着大家攀登木架上了山顶，他亲自采摘花草，放到嘴里尝。为了防备虎豹狼虫，为了能在这里尝遍百草，他为人们找吃的，找草药，又叫大家在山上栽几排冷杉，当作墙壁防野兽，并在墙内盖茅屋居住。他们当时住的地方就是后来的“木城”。
白天，神农领着人们到山上尝百草。晚上，他把百草详细记载下来。神农尝百草是十分辛苦的事，不仅要爬山走路寻找草木，而且品尝草药还有生命危险。神农为了寻找草药，曾经在一天当中中毒几十次，神农被毒得死去活来，痛苦万分。可是凭着他的强壮的体力，又坚强地站起来，继续品尝更多的草药。
大地上的草木品种多得很，数也数不清，神农为了加强品尝草木的速度，使用了一种工具，叫“神鞭”，也叫“赭鞭”，用来鞭打各种各样的草木，这些草木经过赭鞭一打，它们有毒无毒，或苦或甜，或寒或热，各种药性都自然地显露出来。神农就根据这些草木的不同赋性，给人们治病。
传说有一次，神农在深山老林采药，被一群毒蛇围住。毒蛇一起向神农氏扑去，有的缠腰，有的缠腿，有的缠脖子，想致神农于死地。神农寡不敌众，终被咬伤倒地，血流不止，浑身发肿。他忍痛高喊：“西王母，快来救我。”
王母娘娘闻听呼声后，立即派青鸟衔着她的一颗救命解毒仙丹在天空中盘旋窥探，终于在一片森林里找到了神农。毒蛇见到了王母的使者青鸟，都吓得纷纷逃散。
青鸟将仙丹喂到神农口里，神农逐渐从昏迷中清醒。青鸟完成使命后翩然腾云驾雾回归。神农感激涕零，高声向青鸟道谢，哪知，一张口，仙丹落地，立刻生根发芽长出一棵青草，草顶上长出一颗红珠。
神农仔细一看，与仙丹完全一样，放入口中一尝，身上的余痛全消，神农便高兴地自言自语：“有治毒蛇咬伤的药方了！”
于是，给这味草药取名“头顶一颗珠”。后来，人们给它命名为“延龄草”。
还有一次，神农把一棵草放到嘴里一尝，突然一头栽倒。大家慌忙扶他坐起来，可是他已经中了毒，不会说话了，只好用最后一点力气，指着面前一棵红亮亮的灵芝草，又指指自己的嘴巴。
大家慌忙把那红灵芝放到嘴里嚼嚼，并喂到神农嘴里。神农吃了灵芝草后，毒气解了，头不昏了，又能说话了。
人们担心神农这样尝百草太危险了，都劝他还是下山回去吧！但他仍然摇摇头说：“不能回！大家饿了没吃的，病了没草药，我们怎么能回去呢？”
说罢，神农又接着尝百草。神农尝百草时，随身带着一只能看到人五脏六腑、十二经络、帮助他识别药性的獐鼠。
有一天，獐鼠吃了巴豆，腹泻不止。神农把獐鼠放在一棵青叶树下休息，过了一夜，獐鼠居然奇迹般地康复了，原来是獐鼠吸吮了青树上滴落的露水解了毒。
神农摘下青树的叶子放进嘴里品尝，他顿感神志清爽，还甘润止渴。他就教人们种这种青树，这就是后来的茶树。
神农尝完一山花草，又到另一山去尝，还用木杆搭架的办法攀登上去。一直尝了七七四十九天，踏遍了这里的山山水水，甚至登上了具有仙境之称的燕子垭、天门垭，继而攀登回生寨，以便将回生寨的七十二种还阳药记入他的紫竹简《神农本草经》内。
据传说，这回生寨的还阳药能够起死回生，所以称之为“回生寨”。当神农在跨越回生寨中一座独木小桥时，他不慎将《神农本草经》中关于七十二种还阳药的竹简失落桥下，此桥因而得名“失书桥”。而回生寨因为一年四季香气弥漫，遂改名“留香寨”。
后来，人们为了纪念神农尝百草、造福人间的功绩，老百姓就把这一片茫茫林海，取名为“神农架”。而神农撰写的人类最早的医学著作《神农本草》，奠定了我国中医学的基础，也开创了中医学文化，因此被人们称为医药之圣。
后来在神农架，还有一个流传极广的故事。相传有一次，神农采药尝百草时中毒，生命垂危，他顺手从身旁的灌木丛中扯下几片树叶嚼烂吞下去，用以解毒疗疾。结果奇迹出现了，这几片树叶救了神农的命。于是，神农将这种树叶命名为“茶”，并倡导植茶、喝茶。
