汉献帝初平四年，在袁绍、韩馥谋立皇帝失败以后，他们之间便开始了内部争夺。袁绍利用阴谋手段，逼迫韩馥让出冀州，自称冀州牧，开始在河北拥军称雄。
之后，袁术、袁绍和公孙瓒之间又尔虞我诈，不断争战。收复洛阳、赶走董卓的孙坚，也在袁氏兄弟的争战中当了替死鬼。由于以袁绍为首的军阀连年混战，中原地区呈现一片萧条破败的景象。
目睹这一切的曹操感慨万千，决心消灭袁绍等军阀，实现统一中原的愿望。鲍信对曹操说：“现在奸臣乘机出来颠覆皇室，英雄豪杰愤然对抗，而天下响应，是因为大义所在，现在袁绍当盟主，利用权力为己谋私，看来将要发生变乱，另一个董卓就要诞生了。如果我们对抗他，恐怕力不从心；如果跟他同流合污，那又怎么说得过去？不如现在待在黄河以南，静观其变。”曹操深表赞同。
董卓之乱，关东联军争战，给百姓造成了极大灾难。在张角等农民起义军领袖牺牲后，黄巾军并没有停止斗争。
河北黑山黄巾军首领于毒、白绕、眭固率领十余万人进入东郡，兖州刺史刘岱任命的东郡太守王肱弃城而去。袁绍认为机不可失，正好趁此机会把他的势力伸入兖州，便派曹操镇压黑山黄巾军。
在对待农民起义军的问题上，曹操和袁绍的态度是一致的。另外，他也巴不得利用这一机会摆脱袁绍，谋求自身的发展。于是，他就带兵向东郡进发，很快在濮阳打败了白绕率领的黑山黄巾军。
袁绍为了拉拢曹操，又以盟主的身份上表任命曹操为东郡太守。在这个弱肉强食的社会中，曹操靠镇压农民起义军取得了自己的第一块地盘。
汉献帝初平四年春，曹操驻军顿丘，黑山黄巾军在于毒的率领下进攻东武阳。为此，诸将都建议曹操回兵自救，可是曹操却下令进攻西山，攻打于毒的营寨。
于毒得知曹操去攻打他的营寨，急忙撤围回救，路上中了曹操的埋伏，被打得大败。接着，曹操又打败了眭固率领的黑山黄巾军，并乘胜在内黄县大破于扶罗的匈奴兵。这样，曹操占领了东郡。
曹操占领东郡并做了太守，远近闻名，很多人才都来投奔他，后来成了曹操身边第一号谋士的荀彧就是这个时候来的。
荀彧乃颍川荀氏，荀子之后。其祖父荀淑知名当世，号为神君。荀淑有八子，号称八龙。荀彧的父亲荀绲曾任济南相，叔父荀爽曾任司空。荀绲忌惮宦官，于是让荀彧娶中常侍唐衡的女儿为妻。
荀彧年少时有才名，得以免于别人的讥议。后来南阳名士何颙见到荀彧，大为惊异，说道：“这是王佐之才啊！”
永汉元年，荀彧被举孝廉，任守宫令。董卓专权后，荀彧弃官归乡，对父老乡亲说：“颍川是四战之地，如果天下有变，那就会经常受到侵凌，应该尽早离去，不能久留。”但乡人们多留恋故土，不愿离去。时冀州牧同郡韩馥派人接荀彧，却无人相随，荀彧只得独自将宗族迁至冀州避难。
到冀州后，冀州已为袁绍所得，袁绍见荀彧来，待之为上宾。荀彧弟荀谌和同郡辛评、郭图等人都在袁绍手下。荀彧经过一段时间的观察，觉得袁绍这个人最终不能成大事。
初平二年，荀彧离袁绍而投曹操。经过一番交谈，曹操心中十分高兴，情不自禁地说：“你真是我的张良啊！”尽管说这话不符合曹操的身份，但表明了他对荀彧的器重。他立刻让荀彧担任奋武司马之职，参与军机大事。
以后曹操征伐在外，军国大事几乎都征求荀彧的意见。当时董卓威凌天下，曹操问计于荀彧，荀彧说：“董卓残暴已经超出常理，一定会因祸乱暴毙，不会有什么作为的。”荀彧又不断推荐荀攸、钟繇、郭嘉等著名谋士加入到曹操集团中来。
同时，曹操又任用有智谋的东郡东阿人程昱为寿张县令。兖州前刺史刘岱曾要任用程昱，他没有答应，曹操请他，他却立即答应了。程昱后来也成了曹操身边的重要谋士。
这时，曹操的武装力量也在壮大。当曹操起兵进入中牟时，中牟人任峻就举郡响应，又招募他的宗族和宾客、家兵数百人归附曹操。曹操任东郡太守后，山阳巨野人李典随叔父李乾带领宾客数千人一起投奔了曹操。
著名勇将、陈留己吾人典韦也在这时投奔夏侯惇，后来成了曹操的亲随校尉。曹操在东郡有了像样的文武兼备的人才和武装力量，就开始图谋更大的发展了。
东汉献帝初平三年四月，司徒王允用计，联络董卓的义子吕布，杀掉董卓。董卓的死讯传出，士兵们都高呼万岁，百姓在路上载歌载舞。
曹操听到这个消息后，非常高兴。可是，形势很快又发生了逆转，董卓部将李傕、郭汜又起兵杀死王允，吕布战败后将董卓之头系于马下，率数百骑投奔了南阳袁术。
李傕、郭汜控制了汉献帝后，杀大臣、诛异己、任亲信，天下更加混乱。就在这时，青州黄巾军百万之众，进军到了兖州地界，一举打下了任城，杀掉了任城相郑遂。当青州黄巾军攻到东平时，兖州刺史刘岱准备和黄巾军决一胜负。
济北相鲍信根据黄巾军士气旺盛但无给养的特点，向刘岱提出“以逸待劳”之计，劝刘岱不要急于决战。但刘岱不听，与黄巾军决战，结果被杀，兖州顿时大乱起来。黄巾军乘胜向寿张进兵。
曹操部将陈宫献策说：“现在刘岱已死，州中无主，和朝廷也失去了联系，我打算去说服州中的幕僚们，共同拥戴您当兖州牧，以兖州的基础，收复天下，就可以成就霸业。”
曹操听了暗喜，就点了点头。陈宫赶到兖州，对兖州的别驾、治中从事们说：“今天下分裂而州中无主，曹东郡是治世之才，要是我们推举他出任州牧，一定能使全州安宁，百姓乐业。”
曹操的老朋友济北相鲍信也尽力说服他们。兖州官吏在声势浩大的青州黄巾军的打击面前手足无措，就同意这一意见，把希望寄托在了曹操身上。大家推举鲍信和州吏万潜等人去迎请曹操。
就这样，三十八岁的曹操正式出任兖州牧。兖州包括现在山东省中部和西部、河南东北部一带。这可以说是曹操一生的转折点，他从此掌握了一州的军政大权，成为一方霸主。
曹操出任兖州牧之后，立即整军准备迎战青州黄巾军，此战的胜败关系到曹操是否能够在兖州真正站稳脚跟，因此他非常重视。
青州黄巾军虽然人数众多，号称百万，但实际上真正能够参与作战的将士不超过十万，军中老弱妇孺占了大部分，且军中并没有真正擅长领军的将领，全军上下组织极为松散，缺乏军粮、马匹的稳定供给，军队机动性并不强。
曹操的军队人数虽然不过万余，但都是经过严格军事训练的精兵猛将，队伍作战能力非常强。因此，曹操认为，此战虽说是以少敌多，但未必没有胜算。
曹操和鲍信率领军队迎击青州黄巾军，双方在寿张附近交兵。双方刚一交兵，曹操就发现，黄巾军的战斗力远远超出了自己的预想，他们不仅作战勇猛，而且战斗力强，自己所率部众根本难以抵挡。
见硬拼不过，曹操马上下令撤兵。强攻不行，只能智取。曹操认为黄巾军得胜后骄傲轻敌，决定以奇袭的方式取胜。
黄巾军此时正集结在无盐与寿张之间的平原上。为了了解敌情，曹操与鲍信率领部分亲信深入敌军阵地探察。当他们来到汶水岸边时，被敌人发现，青州黄巾军大队人马将曹操等人团团围住。
曹操和鲍信仓皇迎战，由于双方力量悬殊，曹操等人几乎陷入绝境。鲍信率领骑兵浴血奋战，同时命人护送曹操撤退突围。经过艰苦奋战，曹操终于突出重围，而鲍信却为救曹操而战死沙场。
鲍信和曹操是至交好友，曹操悲痛不已。为寻找鲍信的尸首，曹操发出通告，重金悬赏，但始终一无所获。
悲痛之余，曹操只得令人用木头雕刻出鲍信的模样，将其与鲍信的衣物一同下葬，设立衣冠冢，举行隆重的安葬仪式。在鲍信葬礼上，曹操痛哭流涕、慷慨激昂，誓死要为鲍信报仇。
此时，青州黄巾军正沉浸在战斗胜利的喜悦中，防备有所松懈。曹操趁机率兵出击，与敌军展开决战。
曹军群情激昂、誓死为鲍信报仇，作战均十分勇猛，而青州黄巾军完全没想到曹军会在此时突袭，仓皇应战，渐渐抵挡不住曹军的进攻。曹操乘势带领骑兵发动突袭，终于大破青州黄巾军。
攻破黄巾军后，曹操并未乘胜追击。在曹操看来，黄巾军之所以走上反叛道路，皆是因为不堪忍受朝廷暴政和贫苦生活，不忍对这些人赶尽杀绝。
况且，青州黄巾军战斗力惊人，若是能够将他们收归己用，必定如虎添翼。曹操思索良久，最终决定对青州黄巾军采取镇压和安抚相结合的策略。
随后，曹操向青州黄巾军发出了招降书，不想却遭到了拒绝。曹操非常失望，果断采取军事行动继续对黄巾军施压，以使其妥协。
可是，青州黄巾军并没有妥协，也给曹操写了一封信，信中说：“你在做济南国相时曾经毁坏神坛，这种做法和中黄太一的做法相同。看来你似乎知晓中黄太一之道，为什么现在还如此执迷不悟呢？如今汉室将尽，黄天当立。新的天子将要降临，这不是你的能力所能够阻止的。弃暗投明才是顺应天道的行为。”
黄巾军信奉的是太平道，是黄老道学的支派。中黄太一就是黄巾军信奉的天神。黄巾军对其他鬼神之寺一概毁掉，曹操在济南相任上也曾经摧毁过鬼神寺庙，因此，黄巾军认为曹操的做法在某些方面与黄巾军是相同的，希望曹操不要再为汉家朝廷效命，而是向黄巾军投降。
曹操接到信后勃然大怒，心中暗骂，自己乃堂堂汉室臣子，岂能投靠黄巾军？他虽然愤怒，但依然希望能够收编这支黄巾军来扩充自己的实力。
于是，曹操再次向青州黄巾军发动了猛烈进攻。黄巾军抵挡不住曹操的进攻，节节败退。当黄巾军退到济北，也就是今天的山东济南以南时，已经是寒冷的冬天。
由于衣食难以供应，黄巾军战士和老幼妇孺饥寒交迫。打探到青州黄巾军状况堪忧，曹操趁机再次向其招降。最终，黄巾军数十万人全部投降曹操。
招降黄巾军之后，曹操既往不咎，不加害任何一人，并将老弱妇孺以及缺乏战斗能力的人全部安排到后方从事生产劳动，挑选精壮者五六万人编成了“青州军”。
这样，曹操的军事力量得到了空前的增强，他终于拥有了一支足以与众割据力量相抗衡的武装力量。
和其他地主武装单纯以武力大量残杀农民起义军不同，曹操采用软硬兼施的政策，镇压与诱降相结合，将其收为己用，最后达到壮大自己的目的，这就是曹操的高明之处。
在此期间，鲍信的部下于禁以及声名远播的名士豪杰吕虔、满宠以及毛玠等人相继投靠到曹操帐下，成了曹操身边重要的将领或谋臣。
谋士毛玠在投靠曹操后，便向他提出建议说：“天下分崩离析，皇帝西迁到长安，百姓不能生产，饥饿流离，一刻也得不到安宁，必然难以长久。而现在袁绍、刘表虽然士民众多，看起来势力强大，但却不是能够做长远打算、树立牢靠基础的人。自古以来，用兵首先讲求师出有名，其次则依靠雄厚的经济实力作为支撑，只有满足这两个条件，才有可能建立稳固根基，谋求长远发展。因此，我军首先应当奉迎天子以令不守臣节的诸侯，其次要注重勘修耕织以储备军队需要的军粮，这样霸业才可能成功。”
曹操非常同意毛玠的建议，立即派遣使者到长安向汉献帝表示忠诚，这也是曹操以后“挟天子以令诸侯”思想的最初来源。
然而，曹操的示好并没有得到朝廷的重视和信任，汉献帝对曹操兖州牧的地位并不予以正式承认，并且专门派了一个名叫金尚的人来出任兖州刺史。
州牧与刺史的区别在于，刺史只负责郡县监察工作，而没有军权和治民权，州牧则具有领兵治民的职权。实际上刺史与州牧是同一官职，朝廷任命金尚为兖州刺史，显然是要金尚从曹操手中将兖州“抢”过来。
曹操知道这个消息后非常气愤，他绝不可能将自己千方百计得到的地盘拱手让给别人。这个朝廷委派的官员金尚还未进入兖州就遭到曹操的驱逐，无奈之下，他只得投奔了袁术。
